Kliniku řídí přednosta, jemuž podléhá zástupce klinický provoz, zástupce pro vědu a výzkum a doktorský studijní program, zástupce pro výuku a zástupce pro ekonomiku. Zástupce pro léčebnou péči je nadřízeným vedoucím oddělení a tito řídí přidělené sekundární lékaře na jednotlivých odděleních kliniky.

Klinika poskytuje výuku studentům 1. lékařské fakulty UK v Praze a léčebnou péči závislým pacientům. 

Léčebná část kliniky je rozdělena na jednotlivé oddělení a ambulance:

a. Detoxifikační oddělení vedoucí lékař: MUDr. Barbora Košudová, staniční sestra: Mgr. Martina Kudrnová

b. Dětské a dorostové detoxifikační centrum vedoucí lékař: MUDr. Miroslava Mašlániová

c. Lůžkové odddělení muži vedoucí lékař: MUDr. Jitka Vávrová, staniční  sestra: Bc. Hana Kudrnovská

d. Lůžkové oddělení ženy vedoucí lékař: MUDr. Olga Pecinovská, staniční  sestra: Bc. Jana Gluzová

e. Centrum substituční léčby vedoucí adiktolog: Mgr. Andrea Sudíková, staniční sestra: Jiřina Poláková

f. Ambulance pro alkoholové závislosti vedoucí lékař: MUDr. Kateřina Jandečková, sestra: Bc. Maria Jánošová

g. Ambulance pro nealkoholové závislosti vedoucí lékař: MUDr. Vladimír Kmoch, sestra: Jana Fialková

h. Centrum pro psychoterepii a rodinnou terapii vedoucí lékař: MUDr. Pavel Bém

i. Adiktologická ambulance vedoucí adiktolog Mgr. Lenka Šťastná, Ph.D.

j. Ambulance dětské a dorostové adiktologie vedoucí adiktolog Mgr. Lenka Šťastná, Ph.D.

k. Krajská adiktologická ambulance u Apolináře vedoucí lékař: MUDr. Kateřina Jandečková, sestra: Maria Jánošová

Univerzitní část je rozdělena na dvě oddělení:

1. oddělení

2. oddělení

Kontakty na pracovníky univerzitní části  naleznete  zde.

Seznam pedagogů naleznete zde.